Em 21 de março de 1890 foram criadas as Secretarias de Agricultura e Obras, do Interior e da Fazenda. À época, a Secretaria de Obras foi incorporada pelos funcionários da “Diretoria de Agricultura e Obras”, tendo serviços distribuídos pelos setores de forma independentes, porém, reportados diretamente ao titular da Pasta.

A hierarquia das secretarias foi definida sob a constituição do Presidente do Estado, assistido por três secretários de Estado, delegados para atuar nas áreas dos negócios do Interior e Exterior, da Fazenda e outro das Obras Públicas.

Em meados de 1935, o Estado passa pelo processo de expansão e reforma administrativa, sendo criadas as Secretarias de Educação e Saúde Pública, Agricultura e Indústria e Comércio. A partir dessa reforma, a Secretaria de Obras se torna referência na construção e na reforma de prédios públicos de secretarias, autarquias e empresas.

Durante a sua história, as demandas voltadas à viação terrestre e fluvial, saneamento, habitação, urbanismo, economia, agricultura e até mesmo de serviços geológico e mineralógico serviram de razão para a constituição de diretorias especializadas para atender essas áreas, assim como para o protagonismo da SOP no desenvolvimento do estado.

A partir de 2011, foi integrada à Secretaria de Obras Públicas as áreas de Irrigação e de Desenvolvimento Urbano – fortalecida com a Fundação Estadual de Planejamento Metropolitano e Regional (Metroplan).

No início do ano de 2015, o Governo do Estado promoveu uma alteração na estrutura administrativa, extinguindo algumas secretarias e integrando outras pastas da administração. Foram integradas à Secretaria de Obras as áreas de Saneamento e Habitação, assim como a Companhia Riograndense de Saneamento (Corsan). O Departamento de Irrigação passou a integrar a estrutura da Secretaria de Agricultura, Pecuária e Irrigação, e a Metroplan foi para a Secretaria de Planejamento.

Em 2019, o governador Eduardo Leite sancionou a Lei 5.246, de 2 de janeiro de 2019, que introduziu modificações na Lei Nº 14.733, de 14 de setembro de 2015, que dispõe sobre a estrutura administrativa e diretrizes do Poder Executivo.

A partir da reforma administrativa a Secretaria de Obras, Saneamento e Habitação passou a ser denominada Secretaria de Obras e Habitação, e a Corsan, vinculada à Secretaria Estadual do Meio Ambiente e Infraestrutura.

Em 2023 houve nova reestruturação administrativa, com a extinção e criação de novas secretarias. O governador Eduardo Leite sancionou, em 1º de janeiro, a Lei Nº 15.934, que desvinculou das Obras a habitação, regularização fundiária e reassentamentos. O nome atual é Secretaria de Obras Públicas.